O então Governador de Manila, Hurtado de Corcuero, nomeou seu neto Don Juan Francisco como comandante da embarcação para que o mesmo transportasse, além da carga normal, um razoável tesouro pessoal. O montante total é desconhecido pois o Governador negou-se a apresentar o manifesto de carga da embarcação para o representante da Casa de Contratacion.

Don Juan Francisco era jovem (23-24 anos) e totalmente inexperiente no comando de uma embarcação. Isto fez com que rapidamente perdesse o respeito da tripulação, gerando um motim no qual dois grupos de oficiais tentaram ficar com o comando. Houve luta à bordo e, neste momento, a embarcação acabou encalhando num recife entre as ilhas de Tinan e Saipan (Marianas).

Após o encalhe, as ondas fizeram com que a embarcação rapidamente desmantelasse e, das mais de 400 pessoas entre passageiros e tripulação à bordo, poucos atingiram a costa agarrados a destroços. E quando estes poucos conseguiram chegar em terra, ainda foram atacados pelos indígenas locais, que mataram mais alguns.

Parte da carga foi recuperada pelos indígenas locais logo após o naufrágio e, em 1684 os espanhóis retornaram ao local e recuperaram 35 canhões e sete âncoras, além de pequena parte do tesouro.

Segundo documentos da época, localizados por William Mathers, o Governador Corcuero foi acusado pela apropriação de objetos que teriam sido enviados como presentes do Rei da Espanha para o Imperador do Japão. Estes objetos, entre eles um prato ricamente trabalhado todo em ouro maciço, haviam sido desviados pelo Governador, que os estava enviando de volta para a Espanha como parte do seu tesouro pessoal.

No mês de março de 1987, o próprio Mathers consegue uma autorização e, com o auxílio de 30 mergulhadores e arqueólogos, iniciou as buscas do NUESTRA SEÑORA DE LA CONCEPCIÓN numa área de 1,5 X 1,5 Km.

Durante dois anos, os trabalhos realizados mostraram que a embarcação havia sido destroçada e seus restos se espalharam por uma grande área, na qual as profundidades variaram dos 60 cm. aos 122 metros.

Além das pedras de lastro e de cacos de louça encontrados inicialmente, em 10 meses entre os anos de 1987 e 1988, os mergulhadores resgataram: 1.300 jóias em ouro de 22,5 quilates; crucifixos; rosários; anéis e alfinetes em ouro cravejados de pedras preciosas; 997 botões em ouro e 32 correntes de ouro com mais de um metro cada.

Por não se conhecer o total embarcado, não se pode afirmar o quanto ainda resta a ser resgatado mas, pela dimensão da área ocupada atualmente pelos destroços, é certo que ainda muita coisa irá ser encontrada.